S matkou si nerozuměla, otec od rodiny odešel, ve škole byla terčem posměchu. Zná ji celý svět, přesto se cítí osamělá.
Otec, herec John Aniston (†89), pocházel z Řecka, rodina matky, modelky a herečky Nancy Dow (†79), měla italské a irské kořeny. Vztah s matkou byl chladný. „Byla vůči mně velmi kritická. Protože byla modelka, byla nádherná, ohromující. To já jsem nikdy nebyla,“ vzpomíná na svoje dospívání Jennifer Aniston.
S matkou roky nemluvila kvůli knize, kde Nancy popsala vztah se slavnou dcerou, dokonce ji ani nepozvala na svatbu. Rodiče účinkovali v seriálech, otec zářil v Tak jde čas. Dceru však úpěnlivě žádal, aby se na televizi nedívala a rozhodně před televizními kamerami nikdy nepracovala.